Problematyka funkcjonowania powstałego na nowo w Polsce rynku kapitałowego początkowo umiejscowiona była w Katedrze Finansów. Wraz z rozwojem rynku zaistniała konieczność szerszego ujęcia tej problematyki w procesie dydaktycznym, a także podjęcia badań naukowych. Do realizacji tych zadań w dniu 1 kwietnia 1998 roku w ramach Katedry Finansów powołany został Zakład Rynku Kapitałowego.

Po podzieleniu się Katedry Finansów, z dniem 1 lutego 2001 roku została utworzona Katedra Rynku Kapitałowego.

Dalszy rozwój rynków finansowych i wzrost ich znaczenia w gospodarce, szerszy zakres prowadzonych badań oraz rozszerzenie oferty dydaktycznej dla studentów (nowe specjalności prowadzone przez Katedrę) spowodowały kolejne zmiany. W grudniu 2006 roku Katedra Rynku Kapitałowego zmieniła nazwę na Katedrę Rynków Finansowych.

Następnie we wrześniu 2007 roku w ramach Katedry Rynków Finansowych wyodrębnione zostały dwa zakłady:

1. Zakład Rynku Kapitałowego (kierownik - Prof. dr hab. Jan Czekaj),
2. Zakład Inżynierii Finansowej (kierownik - Prof. UEK, dr hab. Andrzej Szopa).

Kierownikiem Katedry, od momentu powstania, jest Prof. dr hab. Jan Czekaj.